Организация института совпала с периодом сплошной коллективизации сельского хозяйства страны.
С 1939 г., во исполнение решений XVIII съезда ВКП(б), институт приступил к разработке вопросов методики планирования и организации картофельно-овощных баз вокруг городов и крупных промышленных центров нашей страны. Выполнение этой работы началось с составления проекта развития овощеводства и других отраслей сельского хозяйства в пригородной зоне г. Горького.
Разработанный институтом в октябре 1940 г. проект развития пригородного сельского хозяйства г. Горький был положен в основу постановления СНК СССР и ЦК ВКП(б) «О мероприятиях по дальнейшему развитию и укреплению картофельно-овощной базы вокруг г. Горького».
Начатая в конце 1940 г. разработка вопросов развития овощеводства в пригородной зоне г. Москва была прервана войной. В 1942 г. аналогичная работа проводилась институтом в Западной Сибири применительно к Новосибирску, Томску и городам Кузбасса. Результаты этой работы были использованы областными организациями при проектировании развития овощеводства вокруг упомянутых городов. Эти работы позволили институту зимой 1944/45 г. выступить с обобщенной работой по методике планирования и организации картофельно-овощных баз.
Косцелецкий Н.А. К методике планирования и организации картофельно-овощных баз вокруг промышленных центров / Агротехника и удобрение овощных культур. Т. 1. – М., ОГИЗ-Сельхозгиз, 1948. – С. 7-50.
Из работ по агротехнике в институте было закончено испытание разных приемов выращивания ранних овощей, особенно для пригородных зон. В результате этих испытаний установлено два агрокомплекса культуры томата. В первом из них ведущее значение имеют ранние сроки выращивания рассады в гончарных и торфонавозных горшках и ранняя высадка с защитой от заморозков, а во втором, предложенном агрономом П.Г. Дергачем, загущенная посадка растений на гребнях с раскладкой стеблей и усиленным пасынкованием.
Пестова М.Н. К вопросу выращивания ранних томатов посевом семян в грунт и рассадой / Агротехника и удобрение овощных культур. Т. 1. – М., ОГИЗ-Сельхозгиз, 1948. – С. 51-69.
В военные годы (1941-1945 гг.) практическая работа по селекции томата на Западно-Сибирской овоще-картофельной селекционной опытной станции не получила дальнейшего развития и состояла в основном в сортоизучении небольшой коллекции местных инорайонных сортов и выращивания семян элиты с улучшающим отбором районированных сортов. В военный период селекцию вели научные сотрудники: Супрун И.Ф. (1941 г.), Савина С.Г. (1942-1943 гг.), Евтушенко М.В. (1944 г.) и Жуков В.Ю. (1945-1946 гг.).
Романцов Н.Д. Селекция томатов / Сборник научных трудов. – Барнаул, 1972. – С. 12-31.
В 1944-1945 гг. институтом разрабатываются приемы выращивания холодостойких томатов, выведенных Грибовской овощной селекционной станцией. Высокие урожаи получены при выращивании рассады в условиях рассадников и утепленных гряд, а также при посеве семенами в грунт. Способы выращивания томата испытывали в Московской области в четырех пунктах: в колхозе «Коллективный труд» Фрунзенского района г. Москва, в колхозе им. Ленина Кунцевского района, на опытном участке Института овощного хозяйства в совхозе имени М. Горького (Текстильщики, под Москвой) и в колхозе им. Кагановича Мытищинского района. Изучение упомянутых способов выращивания томата также проводилось опытными станциями: Калининской, Горьковской, Верхнехавской и Бирючекутской.
Демусенко П.М. Выращивание грунтовых сортов томатов в открытом грунте / Агротехника и удобрение овощных культур. Т. 1. – М., ОГИЗ-Сельхозгиз, 1948. – С. 70-87.
Селекционной работой со столовой морковью на Западно-Сибирской овоще-картофельной селекционной опытной станции с 1939 по 1941 год занималась Н.Д. Романцов, с 1943 по 1951 год — С.О. Кравчук.
Романцова А. Итоги селекционной работы с морковью / Сборник научных трудов. – Барнаул, 1972. – С. 36-45.
В 1940-1942 гг. Западно-Сибирская овоще-картофельная селекционная опытная станция занималась изучением различных схем и площадей питания семенников моркови. При подборе схемы учитывалась возможность применения механизированной обработки в двух направлениях – ухода за семенниками во время вегетации и уборки урожая. В 1941 г. урожайность семян моркови Шантенэ 2461 составила 14,2 ц/га, валовый сбор – 170 кг, в 1942 г. – 10,0 ц/га и 795 кг, в 1943 г. – 10,0 ц/га и 900 кг, в 1944 г. – 6,4 ц/га и 670 кг, в 1945 г. – 7,0 ц/га и 990 кг соответственно. По сорту Нантская 4: в 1942 г. – 6,5 ц/а и 227 кг, в 1943 г. – 7,0 ц/га и 1300 кг, в 1944 г. – 8,4 ц/га и 510 кг, в 1945 г. – 8,5 ц/га и 420 кг соответственно.
Романцова А. Семеноводство моркови / Сборник научных трудов. – Барнаул, 1972. – С. 55-75.
Одна из основных работ, проведенных сектором защищенного грунта, заключается в разработке новых методов формирования растений огурца в теплицах, оказывающих значительное влияние на повышение урожая этой культуры. В 1941 г. в совхозе «1-я фабрика овощей» (под Москвой) на сорте огурца Клинский максимальный урожай получен при прищипке основного побега только в фазе рассады. В колхозе «Память Ильича» Мытищинского района (теплицы шириной в 8 м, длиной в 30 м) при выращивании по клинскому способу урожай огурца был в 2 раза ниже урожая при культуре на шпалерах.
Шереметевский П.В. Новые способы формирования огуречных растений в теплицах на техническом обогреве / Агротехника и удобрение овощных культур. Т. 1. – М., ОГИЗ-Сельхозгиз, 1948. – С. 88-97.
Вызванное военными условиями сокращение выпуска сельскохозяйственных машин и орудий и недостаток рабочей и тяговой силы в колхозах и совхозах побудили институт заняться разработкой конструкций простейшего ручного и конного инвентаря для овощных культур, изготовление которого доступно не только предприятиям местной промышленности, но и колхозам и совхозам. При относительно небольших размерах посевов отдельных овощных культур и различной технике их выращивания такой инвентарь имел большое значение во многих колхозах и в послевоенное время.
Аникин И.В. Простейшие машины и орудия в овощеводстве / Агротехника и удобрение овощных культур. Т. 1. – М., ОГИЗ-Сельхозгиз, 1948. – С. 198-207.
Снитко Э.З. Приспособление машин для обмолота, очистки и сортирования овощных семян / Агротехника и удобрение овощных культур. Т. 1. – М., ОГИЗ-Сельхозгиз, 1948. – С. 208-218.
Военная обстановка обусловила повышенный интерес к местным удобрениям, так как производство минеральных удобрений сократилось, а перевозка их стала затруднительной. В связи с этим основное внимание сектора агрохимии института было обращено на вопросы повышения эффективности местных удобрений. Путем замены разбросного внесения этих удобрений (перед вспашкой) местным внесением (при посадке) удалось повысить степень использования в них питательных веществ. Значительная эффективность местных удобрений достигнута также благодаря правильному комбинированию их между собой или с минеральными удобрениями.
Большое внимание в работе было уделено также вопросам удобрения семенников овощных культур. Разработанные приемы значительно повышали урожаи семян и их качество. Результаты этих работ обобщены в статьях кандидата сельскохозяйственных наук З.И. Журбицкого и старших научных сотрудников Л.И. Афанасьевой и В.П. Гайда.
Журбицкий З.И. Влияние концентрации удобрений в почве на поступление питательных веществ, рост и развитие овощных культур / Агротехника и удобрение овощных культур. Т. 1. – М., ОГИЗ-Сельхозгиз, 1948. – С. 98-140.
Афанасьева Л.И. Потребность семенников лука в питательных элементах в период вегетации / Агротехника и удобрение овощных культур. Т. 1. – М., ОГИЗ-Сельхозгиз, 1948. – С. 141-162.
Гайда В.П. Местное внесение минеральных удобрений, извести и золы под семенники овощных культур / Агротехника и удобрение овощных культур. Т. 1. – М., ОГИЗ-Сельхозгиз, 1948. – С. 163-184.
